Natuurlijk worden vooral de voordelen benadrukt, maar er zijn ook nadelen aan het gebruik van zonnepanelen. Er zijn er een aantal die in ieder geval benoemd moeten worden op dit vlak. Denk bijvoorbeeld aan het feit dat zonnepanelen onderhoud vergen. Dit moet op de juiste manier en het liefst op het juiste moment gedaan worden. Dit kan ook weer kosten meebrengen omdat er een specialist voor moet worden ingehuurd. Dit kost dus meer dan wanneer gewoon een dak kaal gehouden wordt en de traditionele manier van energieverbruik wordt toegepast.
Beperkte levensduur van de panelen
De zonnepanelen hebben niet het eeuwige leven. Enerzijds kan een levensduur van 25 jaar, die de huidige panelen, als lang worden gezien. Anderzijds is het ook zo dat in de laatste jaren het rendement al flink teruggelopen is. De kans dat ze dus voor de 25 jaar al vervangen moeten worden is wel aanwezig. Dit kan als een nadeel gezien worden. Zeker ook omdat de omvormer al eerder moet worden vervangen. Meestal gebeurt dit na 10 tot 12 jaar. Dit is dus een extra tussentijdse kostenpost.
Zonnepanelen zijn niet mooi
Hoewel dit natuurlijk wel deels een kwestie van smaak is, kan niet ontkend worden dat het leggen van zonnepanelen op daken het aangezicht niet altijd ten goede komt. Hoewel hier wel steeds meer aan gewerkt wordt, blijft het vooralsnog zo dat het er niet heel erg strak uitziet om een reeks panelen op een dak te hebben. Dit maakt het wel flink minder aantrekkelijk om de panelen op het dak te willen hebben. Zeker ook wanneer er alternatieven zijn, zoals windenergie afnemen.